Im Jahre 1565 wurden die Philippinen Teil des Vizekönigreiches Neuspanien. Ab 1762 kam es auf dem Archipel wiederholt zu Aufständen gegen die spanische Fremdherrschaft, wobei der letzte auf das Konto des Geheimbundes Katipunan ging und im August 1896 losbrach. Er gipfelte im Juli 1897 in der Ausrufung der Republik von Biak-na-Bato durch Emilio Aguinaldo, der dann auch als Präsident fungierte. Allerdings begab sich Aguinaldo im Dezember des gleichen Jahres nach einem Waffenstillstand mit den Spaniern ins Exil nach Hongkong. Dort traf er am 22. April 1898 mit diplomatischen Vertretern der USA zusammen, die ihm zusicherten, Washington werde die Unabhängigkeit der Philippinen anerkennen, wenn die Spanier vertrieben seien.

US-Präsident McKinley sprach von einer „gottgewollten Mission“ 

Einen Tag später erklärte Spanien den Vereinigten Staaten den Krieg, weil diese Anstalten machten, sich in die inneren Angelegenheiten der spanischen Kolonie Kuba einzumischen. Die anschließenden Kämpfe, welche bis zum 12. August 1898 andauerten, endeten mit einer vernichtenden Niederlage der europäischen Kolonialmacht, nachdem das Asiengeschwader der Vereinigten Staaten unter Commodore George Dewey die spanische Pazifikflotte unter Contraalmirante Patricio Montojo y Pasarón während der Schlacht in der Bucht von Manila auf den Meeregrund geschickt hatte. Aguinaldo nutzte den Krieg, um am 12. Juni 1898 die Unabhängigkeit der Philippinen zu proklamieren. Allerdings schlossen Spanien und die USA dann am 10. Dezember 1898 einen Friedensvertrag, der vorsah, daß die Inselgruppe nun zur US-amerikanischen Überseebesitzung mutierte.

Daraufhin passierten drei Dinge: Zum ersten sprach sich die American Anti-Imperialist League, der unter anderem der populäre Schriftsteller Mark Twain angehörte, entschieden gegen die Annexion aus. Zum zweiten bekundete US-Präsident William McKinley Ende 1898, es sei die gottgewollte Mission der USA, „die Filipinos zu erziehen“ und im Zuge einer „wohlwollenden Assimilation“ zu Amerikanern zu machen. Danach ernannte er den Major General Elwell Stephen Otis zum Militärkommandanten der Philippinen und berief die Schurman-Kommission ein, welche Vorschläge für eine spätere zivile Kolonialregierung ausarbeiten sollte. Und zum dritten veröffentlichte Aguinaldo eine Proklamation, in der er gegen das US-Vorhaben protestierte und ankündigte, die „Freiheit und Unabhängigkeit“ der Philippinen „bis zum Tode zu verteidigen“. Darüber hinaus proklamierte er am 21. Januar 1899 formell die Philippinische Republik, was Otis als faktische Kriegserklärung wertete. Daher brauchte es nur noch einen winzigen Anlaß, um erneutes Blutvergießen auszulösen.

In dieser Situation feuerte Private William Grayson von der B-Kompanie des 1. Nebraska Freiwilligenkorps der US Army am Abend des 4. Februar 1899 an der Ecke Sociego und Silencio Street in Manila mehrere Schüsse auf vier Soldaten Aguinaldos ab, die den Angriff sofort erwiderten. Daraus resultierte die Schlacht von Manila, in der die US-Truppen schnell die Oberhand erlangten, womit die Kampfhandlungen aber nicht endeten. Vielmehr gingen diese nach der heftigen Anfangsphase in einen Guerilla-Krieg über, in dem beide Seiten zahllose Verbrechen begingen: Die Kämpfer auf philippinischer Seite massakrierten, folterten und verstümmelten etliche US-Soldaten in grausamer Weise, während das US-Militär, dessen Generäle meist Veteranen der Indianerkriege waren, auf summarische Massenexekutionen von Dorfbewohnern im Alter von über zehn Jahren sowie die Taktik der „Verbrannten Erde“ setzte. Dazu kam die Errichtung von Konzentrationslagern, welche ein US-Kommandant als „Vorstufe der Hölle“ bezeichnete.

Die Zahl der hieraus insgesamt resultierenden Opfer ist unklar. Die meisten Historiker gehen aber davon aus, daß 4.234 amerikanische Soldaten und etwa 20.000 philippinische Kombattanten fielen. Des weiteren starben wahrscheinlich um die 250.000 Zivilisten – meist infolge von Hunger sowie kriegsbedingten Krankheiten wie der Cholera und der Pest. 

Erst 1946 endete US-Souveränität über die Philippinen

Der Philippinisch-Amerikanische Krieg endete offiziell am 4. Juli 1902, als McKinleys Nachfolger Theodore Roosevelt den Abschluß der Kampfhandlungen verkündete. Andererseits dauerten die Scharmützel zwischen der Besatzungsmacht und einzelnen Rebellengruppen noch bis zum Juni 1913 an. Reichlich drei Jahre später versprach der Jones Act des US-Kongresses den Filipinos dann erstmals die Unabhängigkeit. Dem folgte am 24. März 1934 das Tydings-McDuffie-Gesetz, demzufolge das Überseeterritorium binnen zehn Jahren in die Selbständigkeit entlassen werden sollte. Das scheiterte jedoch an der japanischen Besetzung zwischen 1941 und 1945. 

Die US-amerikanische Souveränität über das Commonwealth der Philippinen endete erst am 4. Juli 1946 durch den Vertrag von Manila. Zur Ruhe kam das Land in der Folgezeit aber dennoch nicht. Dafür sorgten muslimische Separatisten oder Terroristen, kommunistische beziehungsweise maoistische Aufstände, versuchte Umstürze durch das Militär und zahllose politische Morde sowie die unablässige Einmischung der USA.